Natural de Mouçós, o central cumpre já a nona temporada ao serviço do Benfica. Antes de chegar aos encarnados, iniciou a formação no Abambres Sport Club, tendo sido contratado na época 2017/2018.
Ingressou no Centro de Formação e Treino benfiquista de Viseu, e posteriormente foi integrado no Benfica Campus, em 2019/20. O contrato profissional com o Sport Lisboa e Benfica foi assinado em 2024.
Em declarações ao órgão de comunicação social do Benfica, o defesa-central mostrou satisfação pela renovação de contrato e pela evolução física e mental que sentiu, tendo assumido ser forte no “1 contra 1 defensivo”, nas bolas aéreas e um jogador inteligente.
Ao longo das últimas épocas, Rui Silva tem feito o percurso nos diferentes escalões da formação encarnada, tendo conquistado o Campeonato Nacional de Juvenis na temporada 2022/23 e vencido a Taça Revelação, na época passada.


