Em Chaves havia dois clubes rivais (Atlético Clube Flaviense e Flávia Sport Clube) que se fundiram e deram origem ao GD Chaves, que começou a competir na 3ª Divisão, mas o objetivo era chegar mais longe. Em três anos, alcançou a 2ª Divisão Nacional, com a vitória obtida no Campeonato Regional. A época de 1953/54 não correu como se esperava e o 11º lugar não chegou para assegurar a manutenção.
Uma grave crise diretiva e bastantes dificuldades económicas, em 1960/61, acabariam por ditar a queda da equipa para a 3ª Divisão.
No final da década de 60, o clube reorganizou-se e, apesar das grandes dificuldades diretivas, em 1972/73, acabou por alcançar o título de Campeão da Zona A da III Divisão, depois do polémico “caso Lourosa”. Resumidamente, este caso, foi uma revolta na época 1972/73, quando ficou no segundo lugar do grupo 1 a apenas dois pontos do líder Lusitânia Lourosa (e como um dos melhores segundos classificados), mas viu a Federação Portuguesa de Futebol (FPF) travar-lhe a subida. Instalou-se a revolta em Trás-os-Montes.
Os comerciantes entraram em greve, os símbolos nacionais foram queimados na cidade e a fronteira tomada de assalto pela população, num grito de revolta contra o poder na capital, entregue ao Estado Novo. Em resposta, a polícia saiu à rua, tal como o povo, com as ruas cheias de gente.
Para resolver a situação e depois de uma longa batalha na secretaria, a FPF decidiu alargar a II Divisão de 16 para 20 equipas e o GD Chaves festejou o sonho da subida à II Divisão.
No regresso ao 2º escalão do futebol nacional (1973/74), o clube atingiu o 12º lugar. Mas a época ficou na história com o falecimento de um dos maiores valores da formação do clube, Fernando Pascoal das Neves, conhecido no futebol como “Pavão”.
Em 1984/85, o GD Chaves conquistou, pela primeira vez, um lugar no Campeonato Nacional da 1ª Divisão e, também pela primeira vez, Trás-os-Montes teve um clube na 1ª Divisão. Um feito histórico que permanecerá para sempre na memória dos transmontanos.
Na estreia no escalão maior do futebol nacional, o clube terminou no 6º lugar da classificação, tendo sido mesmo apelidada de “equipa sensação” do campeonato. Os bons resultados continuaram no ano seguinte, com um 5º lugar, melhor classificação de sempre do clube, e que daria acesso às competições europeias, pela primeira vez.
A descida à Liga de Honra, em 1999, marcou negativamente o clube que durante 17 anos não conseguiu chegar ao convívio entre os grandes do futebol nacional.
Em 2006/07, o clube caiu na II Divisão Nacional. Mas 2008/09 foi uma época de sucesso para os flavienses, que conseguiram o regresso aos campeonatos profissionais.
A época 2009/10 foi de sentimentos antogónios. No terreno da Naval, um homem da terra e um verdadeiro flaviense, Edu, fez dois golos e colocou os transmontanos no Jamor, onde acabariam por deixar escapar a Taça de Portugal, depois de perderem com o todo poderoso FC Porto por 2-1. O golo dos transmontanos foi apontado por Clemente. No entanto, uma semana antes, a equipa não conseguiu assegurar a permanência na Liga Vitalis, ao perder em casa com o Fátima.
No final de 2010/11, e com o fantasma da insolvência a assombrar o clube, a atual estrutura uniu esforços e conseguiu reerguer o clube.
Em 2012/13, o Chaves venceu o Campeonato Nacional da IIª Divisão – Zona Norte, depois de derrotar, na última jornada, o Ribeirão (2º classificado). No apuramento de campeão superou o Académico de Viseu, vencedor da Zona Centro, e empatou com o Farense, vencedor da Zona Sul, sagrando-se, assim, Campeão Nacional da IIª Divisão. Este foi o primeiro título nacional da história do GD Chaves.
Depois de três épocas na Liga de Honra (hoje II Liga), a 8 de maio de 2016, e depois de um empate em Portimão, o GD Chaves garantiu a subida à 1ª Liga, onde se manteve durante três temporadas.
Em 2021/22, o Desportivo regressou ao convívio dos grandes, depois de um play-off com o Moreirense FC. Na época seguinte, sob o comando de Vítor Campelos, a equipa fez uma prova de grande nível, alcançado o sétimo lugar entre as 18 equipas que participaram. No entanto, na época seguinte, a temporada não correu bem e o Desportivo desceu para a II Liga, onde está a competir atualmente.
PALMARÉS
I LIGA
- 18 presenças
- Melhor: 5º lugar (1986/1987; 1989/1990)
TAÇA DE PORTUGAL
- 61 presenças
- Melhor: Finalista (2009/2010)
II LIGA
- 17 presenças
- Melhor: 2º lugar (2015/2016)
II DIVISÃO (Antiga)
- 20 presenças
II Divisão B
- 5 presenças
- Melhor: Campeão (2012/2013)
III DIVISÃO
- 16 presenças
TAÇA UEFA
- 1 presença
- Melhor: 2ª eliminatória (1987/1988)
TÍTULOS
- Campeão Nacional da II Divisão B (2012/13)
- Campeões distritais/regionais (1952/53; 1954/55; 1961/62; 1964/65; 1966/67)




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