No ano letivo de 1867-1868, com dezasseis anos, os pais enviaram-no para a Universidade de Coimbra e inscreveram-no no Curso de Teologia – Estado Eclesiástico. Não me surpreende que os pais tenham feito a opção de que ele fosse Padre. Em famílias tradicionais de Trás-os-Montes havia a tradição de mandarem um filho para a carreira eclesiástica. Nas famílias Sanches, Massa e Guerra essa tradição foi seguida muitos anos. Havia muitos padres e, inclusive, da para parte da família Massa houve alguns que foram missionários na Ásia, nomeadamente em Malaca e também em Timor.
Portanto esta parte da vida dele aconteceu com naturalidade. No primeiro ano esteve hospedado na Rua os Arcos do Jardim, nº 55.
Foi colega de José Francisco Manso Cordeiro, de Vale Pereiro, Alfândega da Fé.
Ao fim de dois anos, em 1868-1869, provavelmente depois de refletir sobre o que pretendia para a sua vida, resolveu mudar para o curso de Direito. Mudou também de casa, passando a morar na Rua da Matemática nº 40.
Em 1870-1871 frequentou o 3º ano de Direito e em 1872-1873 o 5º ano.
Foi colega de curso de dois irmãos nascidos em Bruçó, Mogadouro, de nomes José Manuel Neto Parra e António Francisco Neto Parra que também se licenciaram em Direito. O José Manuel foi Juiz.
O ramo Sanches da nossa família é oriundo de Mazouco, Concelho de Freixo de Espada à Cinta. Desde jovem ouvia o meu pai falar com grande admiração das Tias de Mazouco. Inclusive, quando ele tinha 10 anos acompanhou-as a Toro, Espanha, numa ida ao médico.
Quando falava nesta viagem dizia que se lembrava de ver homens a atirar uma bola com a mão contra uma parede. É claro que, embora ele não soubesse, tratava-se do jogo da pelota, tão popular em Espanha.
A par destes houve muitos outros que pertencem à família de Guerra Junqueiro, antes e depois do seu nascimento, e que estudaram em Coimbra. Sem dúvida que a Universidade de Coimbra era a mais procurada pelos transmontanos. As razões seriam variadas, mas não vou referir-me a elas. Seriam sempre afirmações com alguma subjetividade que não pretendo refletir nestes textos.
Dada a notoriedade que teve na sociedade, ingressar na política foi um passo muito natural. Tudo começou em 1878, quando foi nomeado Secretário Geral do Governo Civil de Angra do Heroísmo, cidade da Ilha Terceira da Região Autónoma dos Açores. Em 1879 filiou-se no Partido Progressista e nesse mesmo ano, foi transferido para Viana do Castelo, onde casou. Ainda em 1879, foi eleito para a Câmara dos Deputados. Em 1910, com a implantação da República, foi nomeado Ministro de Portugal, em Berna, na Suíça, onde permaneceu até 1914. Talvez não muito satisfeito com o que eram as suas atribuições, pediu a exoneração dessas funções.
Enquanto estudou em Coimbra teve uma atividade muito ativa, num período bastante agitado que foi conhecida como Questão Coimbrã, entre o Romantismo que estava em queda e o realismo que então emergia.
